Am 30. September 2011 startete parallel zur Originalserie eine Neufassung. In dieser landet Perry Rhodan erst im Jahr 2036 auf dem Mond. Die Serie erscheint zweiwöchentlich und war zunächst für 8 Bände geplant. Am 3. Januar 2012 bestätigte der Verlag eine zweite Staffel mit wiederum 8 Bänden.

Während die Perry-Rhodan-Heftromanserie von den geopolitischen Begebenheiten der realen Welt Mitte des 20. Jahrhunderts ausging und die Handlung in einer nahen Zukunft beginnen ließ, geht Perry Rhodan NEO 50 Jahre später von der realen Welt des frühen 21. Jahrhunderts aus und beginnt ebenfalls in einer nahen Zukunft. So fliegt Perry Rhodan nicht im Jahre 1971 zum Mond, sondern erst 2036. Die Handlung nimmt somit aufgrund der geänderten Ausgangslage einen alternativen Verlauf. Die klassischen Motive der Serie werden ebenfalls in eine nahe Zukunft verlagert und entsprechend interpretiert. Es werden neue Figuren eingeführt und bekannte Figuren in einem neuen Licht gezeigt. Die Serie ist somit nicht kanonisch in Bezug auf das klassische Perryversum.

Nach der Aussage von Klaus N. Fricks auf dem 5. Weltcon 2011 in Mannheim wird es auch echt keine Überschneidungen oder Referenzen zwischen den Serien wie zu den Atlan-Serien geben. Perry Rhodan und Perry Rhodan NEO bilden jeweils einen "eigenen Kosmos".